7月29日，中国教育科学研究院职工大会上，中纪委驻教育部纪检组人员宣布，袁振国不再担任教科院院长等相关职务。纪检人员还在会上通报，有关部门已了解袁振国存在违反出国(境)团组规定、出差报销违规等行为，教育部同意其辞职。教科院有关领导证实，袁振国系主动辞职。
中国教育科学研究院是直属教育部的正厅级研究单位，其性质应该是学术研究机构，袁振国作为院长，有正厅的行政级别，但也有学者身份。在国外，学者涉嫌学术不端(包括课题经费违规、学术造假等)，一旦事发，有关机构尚未启动调查或者调查正在进行中就提出主动辞职者十分普遍。这是对学术规则的敬畏，也是给自己一点脸面的体面做法。
比如，2007年麻省理工学院前招生部部长琼斯因学历造假(只有高中学历，却伪造本科、博士学位)丑闻曝光，虽然她本人的能力完全胜任其职位，而且还得过不少奖励，但事发之后她主动辞职。再比如，2010年哈佛大学知名心理学家MarcHauser因学术不端遭到校方调查，校方给其的处罚是“离职一年”，Marc Hauser选择了辞职，而不是继续赖在哈佛。
中国的官员学者们却很不同，过去几年中，先后有多所大学的校长、副校长爆出学术抄袭、造假、违规丑闻，可是没有一个校长、副校长主动提出辞职，甚至在学术不端行为被查实之后还百般狡辩。比如，辽宁大学副校长陆杰荣在《哲学研究》杂志上发表的一篇论文系抄袭，查实之后，学校对其的处理是，“要从中汲取深刻教训，认真反思，深挖思想根源”，而他本人只是“请求上级组织给予批评教育和组织处理”。后有多名学者发公开信要求其引咎辞职，可陆杰荣不为所动。
在用公款携妻出国旅游、出差违规住宾馆、报销的消息爆出后，袁振国进行过回应，他称，妻子同行出访经费非教科院出，同行为省翻译费，并否认豪华酒店的消费单，但回应均被舆论指责不诚恳。针对这种情况，如果违规事实确实存在，袁本人与其辩白，不如请辞，可为自己留住一丝脸面。相比那些丑闻曝光死不认错拒不辞职者来说，袁振国这一点值得肯定。而从7月中旬媒体报道袁振国涉嫌违规，到7月底教育部接受其主动辞职，教育部在这一事件的处理中也表现出了难得的高效率，如果教育部能以此态度对待教育系统内的教育腐败、学术不端，当前的教育风气、学术风气或会有一定程度的好转。
当然，主动辞职不意味着问题就不再追查，有关部门应继续追查问题，并根据违规性质给予当事人进一步处理。2010年，美国威斯康星大学的古德温副教授，因伪造数据而被判归还美国卫生部和威斯康星大学研究基金各5万美元，缓刑2年，外加象征性的罚款500美元。而在这之前，他已经提出主动辞职。主动辞职是对学术尊严、职业操守的救赎，却不能豁免其应当承担的罪责。
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