近日长沙医学院官网发文，称长沙市税务局第三稽查局突然向非营利性民办高校征缴学费和住宿费百分之二十五企业所得税，以及在高校不知情情况下的日万分之五滞纳金，并要求学校所购的仪器、设施、土地、房屋，按年分摊交纳企业所得税。
长沙医学院认为税务局做法缺乏法律依据，向湖南省税务局发出《关于湖南省税务局依法履行税务职责的申请》（该文已从其官方网站及官方微信公众平台下架），引发媒体与网络关注。
据媒体报道有关背景：
2020年11月起，长沙市税务局第三稽查局对长沙医学院2016年1月1日至2020年9月30日期间涉税情况进行了为期半年多的检查。2022年1月13日，长沙市税务局第三稽查局向长沙医学院下达《税务处理决定书》（长税三稽处【2022】7号），要求该校补缴2016年1月1日至2020年9月30日期间税款353312522.98元及相应滞纳金。
长沙医学院向湖南省税务局申请免交滞纳金核减多计不该计税项，湖南省税务局回复称，长沙医学院的学费、住宿费收入不在政策规定的免税收入范围里，即使申请取得非营利组织免税资格，收取的学费、住宿等也不能享受免税政策。
2022年3月24日，长沙医学院对《税务处理决定书》不服，向长沙市税务局提出行政复议，长沙市税务局作出不予受理决定。长沙医学院于是向长沙铁路运输法院起诉，获法院立案。
针对长沙医学院的发文，长沙市税务局第三稽查局局长回应，长沙医学院是民办高校，没有办理“非营利组织”的证明，稽查局稽查该校之后，发现该校收的学费、住宿费不属于免税收入，便上报给市局、省局，总局，所以才下达处理决定。在企业所得税条款中，公办学校也是企业所得税纳税义务人，只是公办学校所收的学费、住宿费需要上缴财政，纳入财政预算外监控，公办学校每年没有上缴财政的部分，同样是要交税的。而民办学校没有上缴财政，都是自收自支，不满足享受税收优惠政策条件，因而需要交纳。该局长称长沙不止这一所民办高校，还有湖南涉外经济学院在走行政诉讼程序。
根据报道，长沙医学院内部人士透露长沙市税务局给了一个清单，要求长沙医学院补缴包括学费、住宿费在内的累计约3亿元税款，还包括1.9亿多元滞纳金。针对此类征税，他们以前都没有缴纳过，也就不存在产生滞纳金。
要求补缴税款是否合法？税务局的做法是否无据可依？
汇总媒体报道的诸多信息，在笔者看来，可以分析出长沙医学院自2016年起存在两方面的疏忽，一是只注重会计账务处理而忽视税务处理，二是未能及时进行非营利组织免税资格认定。出于此，导致被税务局要求补缴巨额税款，因而税务局的补缴决定也不算于法无据。
一、只注重会计账务处理而忽视税务处理
从媒体报道的长沙医学院内部人士所言，关于学费、住宿费征税学校以前都没缴过，以及医学院发文称“购买的仪器、设备、设施、土地、房屋不作为学校支岀还要按年分摊交纳企业所得税”这些观点分析，长沙医学院有可能是按照《事业单位会计制度》进行会计处理（是否按照《高等学校会计制度》执行暂不能确定），按收付实现制方式记账，财务报表编制的是《收入支出表》。
收付实现制是以实际收到或支付的现金作为确认收入和费用的依据，与权责发生制相对应。权责发生制则是，凡当期已经实现的收入和已经发生或应当负担的费用，无论款项是否收付，都应当作为当期的收入和费用；凡是不属于当期的收入和费用，即使款项已在当期收付，也不应当作为当期的收入和费用。
《事业单位会计准则》第九条规定，事业单位会计核算一般采用收付实现制。《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第九条规定，企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用；不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，亦不作为当期的收入和费用。
长沙医学院会计记账可能是按照收付实现制处理，编制《收入支出表》，在纳税处理时没有按照税法规定进行相应调整，也就没有发现问题。及至税务稽查被检查出问题，做出税务调整，长沙医学院的应纳税所得额为正，因此被补征企业所得税。
二、未取得非营利组织免税资格认定
《中华人民共和国企业所得税法》（简称企业所得税法）第二十六条第四项规定，符合条件的非营利组织的收入为免税收入。《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十四条第二款规定，非营利组织的认定管理办法由国务院财政、税务主管部门会同国务院有关部门制定。
《财政部 国家税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税〔2014〕13号）、《财政部 税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税〔2018〕13号）均规定，非营利组织需向税务机关提出免税资格申请， 财政、税务部门按照管理权限，对非营利组织享受免税的资格联合进行审核确认，并定期予以公布。
长沙医学院是民办教育机构，与公办教育机构不同。公办教育机构收取的学费住宿费属于《企业所得税法》第七条规定的不征税收入，而民办教育机构收取的学费住宿费只可能归入《企业所得税法》第二十六条第四项规定的符合条件的非营利组织的免税收入。
长沙医学院收取的学费住宿费如果要认定为免税收入，就需要符合条件，条件之一就是需要具有非营利组织免税资格。长沙医学院没有非营利组织免税资格，因此收取的学费住宿费就不能认定为免税收入。
长沙医学院没有申请取得非营利组织免税资格，将可能成为其3亿元税款补缴争议行政诉讼中的重大不利因素。
有鉴于此，汲取长沙医学院的惨痛教训，其他民办教育机构应当亡羊补牢，赶快行动，尽快申请非营利组织免税资格的认定。
申请认定非营利组织免税资格的具体流程
1. 提交申请
①经省级（含省级）以上登记管理机关批准设立或登记的非营利组织，向所在地省级税务主管机关提出免税资格申请。
②经地市级或县级登记管理机关批准设立或登记的非营利组织，向所在地的地市级或县级税务主管机关提出免税资格申请。
2. 申请材料
①申请报告；
②章程；
③非营利组织注册登记证件的复印件；
④上一年度的资金来源及使用情况、公益活动和非营利活动的明细情况；
⑤上一年度的工资薪金情况专项报告，包括薪酬制度、工作人员整体平均工资薪金水平、工资福利占总支出比例、重要人员工资薪金信息（至少包括工资薪金水平排名前10的人员）；
⑥具有资质的中介机构鉴证的上一年度财务报表和审计报告；
⑦登记管理机关出具的上一年度符合相关法律法规和国家政策的事业发展情况或非营利活动的材料；
⑧财政、税务部门要求提供的其他材料。
3. 审批部门
由财政、税务部门联合进行审核确认予以公布。
前车之鉴，民办教育机构只有取得了非营利组织免税资格，才有可能获得学费、住宿费免税优惠。当然，对于长沙市税务局、湖南省税务局关于“即使长沙医学院申请取得非营利组织免税资格，收取的学费住宿费也不能享受免税政策”的观点是有待商榷的。
杨世军律师
北京策略律师事务所合伙人、监事会监事
注册会计师（非职业）
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（来源：策略律师）